Программная структура расходов бюджета Благодарненского муниципального района Ставропольского края в 2016 году была представлена в разрезе 4 муниципальных программ, определяющих наиболее приоритетные направления расходов.

Программа Благодарненского муниципального района Ставропольского края "Социальная поддержка граждан" ориентирована на повышение уровня и качества жизни населения Благодарненского муниципального района Ставропольского края.

Программа "Развитие образования и молодежной политики нацелена на реализацию эффективной образовательной политики Благодарненского муниципального района Ставропольского края, создание условий комплексного развития целостной системы образования, обеспечивающей совершенствование качества дошкольного, начального, основного и общего образования, нравственное, интеллектуальное и физическое развитие детей и молодежи.

Программа "Развитие сельского хозяйства" направлена на устойчивое развитие отрасли сельского хозяйства, способствующее повышению конкурентоспособности сельскохозяйственной продукции.

Программа "Осуществление местного самоуправления в Благодарненском муниципальном районе Ставропольского края" ориентирована на повышение эффективности деятельности органов местного самоуправления Благодарненского муниципального района Ставропольского края.